Cùng năm, Gia Tĩnh Đế lên ngôi, muốn truy sùng Đế hiệu cho cha mình là Hưng Hiến vương Chu Hữu Nguyên, bị đình thần phản đối, sự kiện Đại lễ nghị bắt đầu. Bấy giờ đình thần đã 3 lần dâng tôn hiệu cho Hưng Hiến vương, bị Đế 3 lần từ chối, Thông đang làm Bộ quan chánh, vào ngày sóc tháng 7 ÂL năm ấy, dâng sớ ủng hộ nguyện vọng của Hoàng đế, phản bác tất cả luận điểm của đình thần. Gia Tĩnh Đế đang lúc bế tắc, nhận được sớ này thì cả mừng, nói: “Lời này nói ra, thì cha con ta được trọn vẹn rồi.” Đế liền giao sớ xuống cho đình thần bàn luận, khiến mọi người sợ hãi, nhao nhao mắng chửi Thông, còn bọn lễ quan Mao Trừng kiên quyết giữ ý kiến ban đầu. Gặp lúc Hưng Hiến vương phi đến Thông Châu, nghe nói nghi lễ tôn xưng chưa quyết định, bèn dừng lại không đi nữa; Gia Tĩnh Đế chảy nước mắt, đòi rời vị để quay về phiên. Thông bèn viết Đại lễ hoặc vấn để dâng lên, đế dựa vào đấy mà liên tiếp bác bỏ sớ của lễ quan. Đình thần bất đắc dĩ cùng nhau đề nghị tôn Minh Hiếu Tông làm Hoàng khảo và Hưng Hiến vương làm Bổn sanh phụ Hưng Hiến Đế (thay cho ý kiến ban đầu: tôn xưng Hưng Hiến vương làm Hoàng thúc khảo Hưng quốc đại vương). Đồng thời họ cho Thông trừ chức Nam Kinh Hình bộ Chủ sự, đẩy ông rời khỏi kinh sư, việc tranh cãi tôn xưng cũng tạm lắng.

Tháng giêng ÂL năm Gia Tĩnh thứ 3 (1524), Gia Tĩnh Đế nhận sớ của Quế Ngạc (đề nghị tôn xưng Hưng Hiến Đế làm Hoàng khảo), bèn tái khởi động cuộc Đại lễ nghị. Uông Tuấn thay Mao Trừng nắm bộ Lễ, vẫn kiên trì lập luận của phái Hộ lễ. Thông lại dâng sớ ủng hộ nguyện vọng của Hoàng đế, rồi cùng Quế Ngạc dâng sớ lần nữa. Gia Tĩnh Đế càng thêm vui vẻ, lập tức triệu 2 người về kinh (cả 2 đang ở Nam Kinh). Mệnh lệnh chưa đến, Thông, Ngạc lại cùng Hoàng Tông Minh, Hoàng Oản hợp nhau dâng sớ tranh luận. Đến khi đình thần đổi xưng Hưng Hiến Đế làm Bổn sanh Hoàng khảo, cho rằng việc tôn xưng đã xong, xin dừng mệnh lệnh triệu tập bọn Thông, Gia Tĩnh Đế bất đắc dĩ nghe theo. Thông, Ngạc đang ở giữa đường, gấp dâng sớ cho rằng: làm như vậy đời sau vẫn sẽ nói đế là con trai của Minh Hiếu Tông. Gia Tĩnh Đế lấy làm phải, vội triệu 2 người.

Tháng 5 ÂL, Thông, Ngạc đến kinh sư, dâng sớ điều trần 7 việc; đình thần sôi sục, đòi đánh chết họ, khiến Quế Ngạc không dám ra ngoài, còn Thông đợi vài ngày mới vào chầu. Bọn Cấp sự Ngự sử Trương Trưng, Trịnh Bổn Công liên tiếp dâng chương, ra sức phản đối, khiến Gia Tĩnh Đế càng không vui, bèn đặc thụ 2 người làm Hàn Lâm Học sĩ. Thông, Ngạc hết sức từ chối, xin đối chất với đình thần. Bọn Cấp sự Ngự sử Lý Học Tăng, Cát Đường nói Thông, Ngạc a dua mà được làm Học sĩ, sẽ gây suy giảm thánh đức, Ngự sử Đoàn Tục, Trần Tương lại dâng sớ tranh luận, còn nhắc đến Tịch Thư. Gia Tĩnh Đế đòi Lý Học Tăng, Cát Đường trả lời, bắt Đoàn Tục, Trần Tương vào Chiếu ngục. Hình bộ Thượng thư Triệu Giám xin bắt Thông, Ngạc vào Đại Lý tự, còn nói với mọi người rằng 2 người vừa đến thì sẽ đánh chết ngay. Gia Tĩnh Đế trách Triệu Giám kết gian đảng, đòi ông ta trả lời. Sau đó Thông, Ngạc liệt kê 13 việc dối đời lừa người của thói hủ Nho, bẻ gãy luận điểm của đình thần. Đến khi xảy ra sự biến cửa Tả Thuận, rất nhiều quan viên phái Hộ lễ bị giam vào chiếu ngục và phạt đòn, hơn 10 người chết vì phạt đòn, rất nhiều người chịu biếm chức. Nhờ vậy khí thế của bọn Thông trở nên lớn mạnh.

Tháng 9 ÂL cùng năm, việc tôn xưng thỏa mãn nguyện vọng của Gia Tĩnh Đế, khiến đế càng tin yêu Thông, Ngạc, còn Thông, Ngạc cậy sủng mà không sợ gây thù địch với đình thần, vì thế tất cả triều sĩ đại phu đều căm hờn họ.